Morbus Crohn ist eine komplexe Erkrankung, deren Ursache noch ungeklärt ist. Als auslösende Faktoren vermuten die Experten eine Kombination aus genetischen Faktoren, der Beschaffenheit der Darmflora (Mikrobiom), der Durchlässigkeit der Darmwand, einer Reaktion des Immunsystems und verschiedener Umweltfaktoren. Man geht davon aus, dass die Darmentzündung bei Morbus Crohn in einem Zusammenwirken von genetischen Faktoren, Umweltfaktoren, des Mikrobioms und einer Störung der Barrierefunktion der Darmschleimhaut entsteht.